Если это имеется в виду, то у меня немного другая ситуация, kapt генерирует классы для самого приложения, но не для instrumentation тестов андроида. Или причина та же?

Думаю, что причина другая, в мавене всё совсем по-другому работает.

создать баг?

Лучше создать. Только хорошо бы какой-нибудь код, из которого можно зарепродьюсить проблему.

Сегодня поигрался с примрами https://github.com/JetBrains/kotlin-examples в Gradle плагины и автогенерация вместе работают, а вот в Maven нет

это похоже баг студии или грэйдла