чтобы что? чем не годится компиляция в .java код?

Наверное тем, что нужна поддержка native и JavaScript?

Да, в ява код можно, но оно работает только на сервере. В js не перекомпилишь (я вот ща сижу и ручками перегоняю). Сгенеренный код из явы в котлин просто так не транслируется, надо править, а пакетов огого. Сигнатура методов позволяет ставить null, а потом внутри подло бросает эксепшн. А что за native?

@lewik #kotlin-native https://blog.jetbrains.com/kotlin/2017/04/kotlinnative-tech-preview-kotlin-without-a-vm/

Если протобаф используется только в коде на котлине вас может спасти kotlinx.serialization, находящийся в разработке. За подробностями и с вопросам сюда -- https://discuss.kotlinlang.org/t/kotlin-serialization/2063